美发现人类广泛存在的新型肠道病毒
2014-07-25来源:厚朴方舟
生活在我们肠道中的一种病毒,在过去几十年里从未被发现过,这本身就是件令人纳闷的事情。不过来自美国圣地亚哥州立大学的一组研究人员破解了这个奥秘,发现了存在于全世界半数人口以上的一种病毒,他们将其命名为crAssphage。crAssphage能感染一种较常见的肠道细菌Bacteroides,科学家们认为这种细菌认为与肥胖、糖尿病和其他内脏相关疾病有关。
这一研究成果公布在Nature Communications杂志上。
地亚哥州立大学的生物学家生物信息学教授Robert A. Edwards和他的同事偶然间获得了这一发现,他们与前访问学者(现在在Radboud大学)的Bas E. Dutilh合作,利用之前关于肠道病毒研究的结果,筛选出了一种新型病毒。
研究人员分析了12位不同个体的粪便样品DNA,发现了一种特殊的病毒DNA簇群,这一DNA片段大约97,000个碱基对长,当Edwards和他的同事对照已知病毒列表寻找时,他们没有发现对应的病毒。
之后研究人员在美国国立卫生研究所人类微生物组项目 (HMP)数据库,以及阿贡国家实验室MG-RAST 数据中筛选占整个病毒,结果发现这种病毒在人类粪便中富集。
为了证明这种通过计算机数据发现的病毒DNA,实际上也存在于自然界中,研究人员采用了DNA扩增技能,在NIH数据库原始样品中定位病毒。
“因此我们也有生物证据,证明这种计算机中发现的病毒实际上也存在于样品中,”Mokili 说。
这是一种新的病毒,存在于许多人体内,但是我们却不知道。
Edwards说,“虽然找到一种新病毒并不出奇,但是这种病毒存在于很多人体内,而在如此多‘雷达’的监控下,这种病毒从未被发现,这就十分奇怪了。”
一种古老的病毒
这种病毒分布如此普遍,这表明它也许不是一个特别年轻的病毒。
“我们在几乎所有检查过的种群中都发现了这种病毒,就我们所知,这种病毒与人类出现的时间一样长,”Edwards 说。
研究人员将这种病毒命名为crAssphage,意思就是说他们是通过cross-assembly软件程序发现的这种病毒。
CrAssphage DNA中的一些蛋白质与其它早已被研究的一些病毒相似。因此Edwards研究组能确定这种新病毒是一种噬菌体,能在细菌里感染和复制,而且通过研究人员的创新生物信息学技能,他们也预测出这种特殊的噬菌体作用对象是一种常见的肠道细菌:Bacteriodetes。
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